Druga sekcija formirana u okviru Ekološkog društva “Arkus” bila je botanička sekcija, koja je zaživela 2002. godine od strane šačice ljudi zainteresovanih za botaniku. Naravno, u rad ove sekcije mogao je da se uključi svaki član Društva. Bilo je članova koji su bili aktivni u obe postojeće sekcije. U početku je rad sekcije aktivno tekao, prvenstveno u vidu botaničkih istraživanja, kao i kroz predavanja o botaničkim temama. Zahvaljujući pomenutim istraživanjima, izvršen je popis vrsta drveća i žbunja u gradskom parku, a započeta su i proučavanja biljnog sveta livada na gornjem potezu Zobnatičkog jezera. U međuvremenu je izvršen popis vrsta ovog područja, koje odslikavaju neprocenjivu botaničku vrednost ostataka nekadašnjih livada.
Botanička sekcija i dalje radi u kontinuitetu, mada su poslednjih godina aktivnosti svedene na letnji EKO-KAMP. I u ovom slučaju se sprovodi veoma značajna delatnost, prvenstveno proširivanje znanja iz botanike kod mlađih naraštaja. U sklopu različitih pešačkih tura organizovanih sa ciljem upoznavanja prirode, stavlja se naglasak na bogat biljni svet našeg kraja. Ranije se za širu publiku organizovala pešačka tura povodom Dana biodiverziteta, dok je poslednjih godina tzv. Šafran-tura postala omiljena među Topolčanima.