U okviru Ekološkog društva ”Arkus” postoji mogućnost za formiranje različitih sekcija koje se bave posebnim naučnim oblastima. Trenutno postoje četiri ovakve sekcije kojima se mogu priključiti svi članovi u zavisnosti od svojih interesovanja. Vođe sekcija su stručnjaci koji imaju iskustva u okviru teme kojom se grupa bavi.
U ED “Arkus” trenutno postoje četiri aktivne sekcije:
Entomološka sekcija
Arahnološka sekcija