Već od samog početka delovanja, broj članova naše organizacije se ubrzano povećavao, pa su se među starim i novim članovima našli mnogi ljubitelji ptica. Kao rezultat velikog interesovanja, 1997. godine formirana je ornitološka sekcija, kao prva stručna sekcija u okviru Ekološkog društva “Arkus”. Članovi društva mogli su se slobodno pridružiti ovoj grupi, koja je između ostalog organizovala aktivnosti vezane za posmatranje ptica, počela sa prihranjivanjem ptica u gradskom parku, a krenulo se i sa postavljanjem veštačkih duplji za ptice dupljašice. U to vreme kreće se i sa sakupljanjem podataka o populacijama ptica u okolini Bačke Topole, kao i sa povremenim akcijama prstenovanja ptica u naučne svrhe. Prstenovanje ptica bilo je najintenzivnije tokom letnjih Eko kampova našeg društva. Tokom nekoliko godina u decembru, članovi društva organizovali su tzv. Ptičiji Božić u cilju unapređenja svesti među mladima o važnosti zaštite ptica.
Kao rezultat ozbiljnog rada, u decembru 2004. godine, organizovana je šestodnevna ornitološka izložba, u okviru koje su građani Bačke Topole imali priliku da upoznaju ptičiji svet našeg regiona. Paralelno sa izložbom, u okviru jednog većeg projekta stvara se mogućnost nabavke skoro stotinu veštačkih duplji za ptice. Montaža veštačkih duplji odvijala se narednog proleća na odgovarajućim većim površinama pod drvećem. Mnoge duplje su još uvek u funkciji, a vredni ornitozi redovno ih održavaju i prikupljaju podatke. Veliki pomak u radu ornitološke sekcije dogodio se 2008. godine kada su pokrenuta dva značajna programa izučavanja i zaštite ptica. Zahvaljujući ovim aktivnostima, delovanje sekcije, kao i celog Ekološkog društva “Arkus” proširuje se na celu teritoriju opština Bačka Topola i Mali Iđoš. U naredne dve godine, 2009. i 2010. godine, na obali Zobnatičkog jezera održavaju se četvorodnevni jesenji kampovi u cilju prstenovanja i praćenja ptičijih migracija. Kao prolećni program za širu publiku, Noć slavuja održava se već dugi niz godina, dok se prvog vikenda u oktobru i Bačka Topola pridružuje Evropskom vikendu posmatranja ptica.
Ornitološka sekcija postala je najznačajnija stručna sekcija u našem društvu i zauzima značajno mesto u godišnjim aktivnostima.
Programi za proučavanje i zaštitu ptica u okviru Ornitološke sekcije su: